为了便于对物流集装箱在流通及使用的过程当中识别管理，便于单据编制及信息传输，所以国际标准化组织制定了集装箱的标记，这个标准即《集装箱的代号、识别和标记》（ISO6346-1981(E)）。国际标准化组织规定的标记有必备标记及自选标记两类，每一类标记中又分别标记及作业标记，具体来说，集装箱上有箱主代号；箱号或顺序号、核对号；集装箱尺寸及类型代号。

1、箱主代号(Owner Code)。是集装箱所有人向国际集装箱局登记注册的三个大写的拉丁文字母表示，比如马士基集团自有箱的箱主代号之一是“MSK”。

2、核对数字。又称“校验码”（Check Digit），核对数字是用来验证箱主代号和顺序号记录是否准确的依据，经计算机处理所得。它位于顺序号后，以一位阿拉伯数字加一方框表示。

3、设备识别代号。是紧接着箱主代号的第四位字母，用以表示集装箱的类型，最常见的是“U”，用于表示所有常规的集装箱。另外“J”表示带有可拆卸的集装箱，“Z”表示集装箱的拖车和底盘车。

4、顺序号，又称“箱号”或“箱体注册码”（Registration Code），由6位阿拉伯字母组成。如有效数字不是6位时，则在有效数字前用 “0” 补足6位以区别于同一箱主的集装箱，如 “053842”。